इनमें से कई आवंटियों पर गंभीर सवाल उठते हैं। विश्व हिन्दू परिषद की उग्रवादी महिला शाखा, दुर्गा वाहिनी की संस्थापक साध्वी ऋतंभरा इनमें से एक हैं। उनके वृंदावन स्थित स्कूल का नाम ‘संविद गुरुकुलम गर्ल्स सैनिक स्कूल’ है। 6 दिसंबर 1992 को बाबरी मस्जिद गिराए जाने से पहले, मुसलमानों के खिलाफ भावनाएं भड़काने में ऋतंभरा ने अहम भूमिका निभाई थी। बाबरी मस्जिद गिराए जाने की जांच करने वाले लिब्रहान आयोग ने उन्हें उन 68 लोगों में शामिल किया था, जिन्हें देश को ‘सांप्रदायिक कलह के कगार’ पर पहुंचाने के लिए जिम्मेदार माना गया था।
सेंट्रल हिन्दू मिलिट्री एजुकेशन सोसाइटी द्वारा संचालित भोंसला मिलिट्री स्कूल (बीएमएस), नागपुर को भी सैनिक स्कूल के तौर पर चलाने की मंजूरी मिली। इस स्कूल की स्थापना 1937 में हिन्दू दक्षिणपंथी विचारक बी.एस. मुंजे ने की थी।
2006 के नांदेड़ बम धमाके और 2008 के मालेगांव धमाकों की जांच के दौरान, महाराष्ट्र एंटी-टेरर स्क्वॉड और अन्य एजेंसियों ने खुलासा किया कि साजिश में शामिल लोगों ने बीएमएस में हथियारों और विस्फोटकों का प्रशिक्षण लिया था। परिसर में आयोजित 40-दिवसीय प्रशिक्षण शिविर, जिसमें 54 लोगों को प्रशिक्षित किया गया था, का संबंध बजरंग दल के उन कार्यकर्ताओं से था, जिनके बारे में माना जाता है कि उन्होंने मस्जिदों और अन्य ठिकानों पर बम धमाके किए थे। 2025 में, मालेगांव धमाके के 17 साल बाद, मुंबई की एक विशेष एनआईए अदालत ने सभी सात आरोपियों को बरी कर दिया।
